生物医学工程学院秉承“以学生为本，医工结合，创新求真”的办学理念，致力于学生创新能力和自我发展素质的训练，培养国际化、创新型、复合型一流人才，发展世界一流的生物医学工程学科，努力建成我国生物医学工程领域创新人才的培养基地。生物医学工程学院首批拟设置以下4个系：

医学影像与信息系：该系致力于培养掌握新型成像物理与方法、前沿成像技术、信息获取手段和健康信息数据处理方法的创新人才，并开展先进成像技术及设备研究。

生物电子系：该系致力于培养掌握生物电子融合材料、信息获取与分析等交叉学科前沿理论和技术的创新人才，并开展跨尺度生物信息探测器件及预防、诊断和治疗疾病的创新系统研究。

生物材料与组织工程系：该系致力于培养掌握结构和功能仿生生物材料构建基础理论和前沿技术的创新人才，并开展组织修复的生物材料工程技术及医学转化应用研究。

神经康复工程系：该系致力于培养掌握神经工程、康复工程及信息工程等交叉学科基础理论和前沿技术的创新型复合人才，并开展神经功能康复理论及技术的研究。