Education 计算机科学与控制工程学院

唐继军Jijun Tang

Google Scholar

正教授,

计算机科学与控制工程学院

前美国南卡罗来纳大学计算机科学与工程系教授

邮箱:jj.tang@siat.ac.cn

爱好出勤奋,勤奋出天才

个人简介

唐继军,曾任美国南卡罗莱纳大学工程和计算学院教授(终身教职)并兼任天津大学智能与计算学部特聘教授,主要研究领域为面向多尺度生物医学大数据挖掘的算法和人工智能方法开发,曾多次获得美国科学基金 (NSF)、国立卫生研究院 (NIH)、美国海军研究室 (ONR)、美国人文基金会 (NEH) 和中国国家自然科学基金、科技部等机构科研项目支持,研究经费总金额分别超过400万美元和450万元人民币;共计发表205篇原创性学术期刊和会议论文,成果发表在Nature Communications、Nature Microbiology和Nucleic acids research等高水平学术期刊上,总引用4500余次,包括10篇ESI高被引论文。曾担任生物信息学领域有超过20年历史的重要学术会议如生物信息学算法大会(WABI)和亚太生物信息学年会(APBC,CCF 四大生物信息学会议之一)的大会主席,当前担任生物信息学二区刊物 BMC Bioinformatics和Frontiers in Genetics的副编辑。

学习工作经历

学习经历:

2002.06-2004.08 博士 美国新墨西哥大学

1998.06-2002.05 硕士 美国新墨西哥大学

1996.09-1998.05 博士 天津大学

1994.09-1996.06 硕士 天津大学

1990.09-1994.06 学士 天津大学

工作经历:

2021.04-至今 深圳理工大学正教授

2018.01-2021.04 美国南卡罗来纳大学 系研究生主管

2015.01-2021.04 美国南卡罗来纳大学 教授

2013.05-2021.04 天津大学 特聘教授(兼职)

2011.08-2012.01 瑞士洛桑联邦理工学院 访问学者(兼职)

2009.05-2014.12 美国南卡罗来纳大学 副教授

2004.08-2009.04 美国南卡罗来纳大学 助理教授

学术成果

中国计算机学会生物信息专委会常委,生物信息学二区刊物BMC Bioinformatics和Frontiers in Genetics的副编辑


所获荣誉

2021年获得天津市自然科学二等奖,2024年获得中国智能科技最高奖“吴文俊人工智能科学与技术奖”自然科学二等奖, 2022年获得浙江省生物信息学学会科研成果二等奖,2019年获得天津市工程专业学位优秀指导教师奖和天津市工程专业学位硕士研究生优秀学位论文指导教师等。


科研成果

科研项目

中国自然科学基金面上项目(2020/01/01-2023/12/31)

重组基因组结构变异及演化的算法研究,项目负责人,总金额58万人民币。

中国科技部科技部国家重点研发计划子课题(2020/11/01-2025/10/31)

新蛋白质元件设计的智能算法研究,总金额1000万人民币,课题一负责人,份额228万。

中国科技部科技部国家重点研发计划参与人(2017/01/01-2021/12/31)

中国重大疾病与罕见疾病临床与生命组学数据库,总金额5000万人民币,天津大学负责人,份额135万。

深圳市团队计划(2021/01/01-2024/12/31)

美国国家人文基金(NEH)(10/01/2018-09/30/2020)

社交媒体中语言变化模式的计算工具。

总金额90,000美元,联合负责人,份额是25,000美元。

美国国家科学基金NSF IIS1161586(10/01/2012-09/30/2017)

开发3D浏览器来探索基因组。

总金额为800,000美元,项目总负责人,份额为450,000美元。

美国国家科学基金NSF OCE 0926581(09/15/2009-08/31/2014)

在一系列尺度上监测气候变化对岩石潮间带生态系统的影响。

总金额为770,000美元,第二负责人,份额200,000美元。

美国国家科学基金NSFOCI0904179(09/01/2009-08/31/2013)

亿次模拟了解全基因组进化。

总金额为1,000,000美元,南卡罗来纳大学项目负责人,份额320,000美元。

美国国家人文基金HT-50046-11(10/01/2011-12/31/2012)

高性能计算协作实验室。

项目负责人,总金额为250,000美元。

美国海军研究办公室ONR N00014-07-1-0686(06/01/2007-05/31/2011)

将游戏范式融入计算机辅助工程设计工具中。

总金额为1,000,000美元,第二负责人,份额400,000美元。

美国国家科学基金NSFCNS 0708391(06/01/2007-05/31/2011)

高性能共享内存计算机用于南卡罗来纳州的生物和医学研究。

项目负责人,总金额为470,000美元。

美国健康研究院NIHR01 GM078991(06/01/2006-05/31/2010)

复杂基因组重排事件的系统发育分析。

项目负责人,总金额780,000美元。

美国国家科学基金NSF CIPRES分包项目(NSF EF 03-31654)(10/01/2005-09/30/2006)

系统发育多序列比对

总金额为35,000美元。

美国国家进化综合中心夏季支持(由NSF资助)(2005年夏季)

基因顺序系统发育的算法开发,总金额为18,000美元。

研究领域

主要研究领域为面向多尺度生物医学大数据挖掘的算法和人工智能方法开发,研究内容主要是基于不同尺度生物医学大数据,利用高性能计算、人工智能及数学和统计方法,以“生物分子-生物系统-物种进化”的研究思路为导向,从简单到复杂,研究基因组结构构建、分子网络高精度挖掘、物种和癌细胞进化和系统发育树重建。

部分代表文章

lMa,K.,Li,J.,Zhao,M.,Zamit,I.,Lin,B.,Guo,F.,Tang, J.,PPRTGI: A Personalized PageRank Graph Neural Network for TF-target Gene Interaction Detection,IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,2024

lLi, X., Ma, S., Xu, J., Tang, J., He, S., Guo, F., TranSiam: Aggregating multi-modal visual features with locality for medical image segmentation, Expert Systems with Applications, 237, 121574, 2024

lLiu, X., Yang, H., Ai, C., Ding, Y., Guo, F., Tang, J., MVML-MPI: Multi-View Multi-Label Learning for Metabolic Pathway Inference, Briefings in Bioinformatics, 24 (6), bbad393, 2023

lMeng, Q., Guo, F. and Tang, J., Improved structure-related prediction for insufficient homologous proteins using MSA enhancement and pre-trained language model,Briefings in Bioinformatics, bbad217, 2023

lDou, M., Ding, J., Chen, G., Duan, J., Guo, F., Tang, J., IK-DDI: a novel framework based on instance position embedding and key external text for DDI extraction, Briefings in Bioinformatics, bbad099, 2023

lKan, Y., Jiang, L., Guo, Y., Tang, J. and Guo, F., Two-stage-vote ensemble framework based on integration of mutation data and gene interaction network for uncovering driver genes, Briefings in Bioinformatics 23 (1), bbab429, 2022.

lLiao, Z., Pan, G., Sun, C. and Tang, J., Predicting subcellular location of protein with evolution information and sequence-based deep learning, BMC bioinformatics 22 (10), 1-23, 2021.

lHoskins, W.H., Hobbs, W.I., Eason, M.J., Decker, S. and Tang, J., The design and implementation of the Carolina Automated Reading Evaluation for reading deficit screening, Computers in Human Behavior Reports, 4, 100123, 2021.

lHe, W., Tang, J., Zou, Q. and Guo, F., MMFGRN: a multi-source multi-model fusion method for gene regulatory network reconstruction, Briefings in Bioinformatics, 22 (6), bbab166, 2021.

lWang, J., Liu, J., DiStefano, C., Pan, G., Gao, R., and Tang, J., Utilizing Deep Learning and Oversampling Methods to Identify Children’s Emotional and Behavioral Risk, Journal of Psychoeducational Assessment 39 (2), 227-241, 2021.

lZhang, Z., Wang, W., Xia, R., Pan, G., Wang, J. and Tang, J., Achieving large and distant ancestral genome inference by using an improved discrete quantum-behaved particle swarm optimization algorithm, BMC bioinformatics 21 (1), 1-30, 2020.

lPan, G., Wang, J., Zhao, L., Hoskins, W. and Tang, J., Computational Methods for Predicting DNA Binding Protein, Current Proteomics 17 (4), 258-270, 2020.

lWang, Y., Ding, Y., Tang, J., Dai, Y., Guo, F.,CrystalM: a multi-view fusion approach for protein crystallization prediction,IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 18 (1) 325-335, 2019.

lZhang, Y., An, L., Xu, J., Zhang, B., Zheng, W., Hu, M., Tang, J. and Yue, F., Enhancing Hi-C data resolution with deep convolutional neural network HiCPlus, Nature communications, 9 (1), 750, 2018.

lJiang, L., Xiao, Y., Ding, Y., Tang, J. and Guo, F., FKL-Spa-LapRLS: an accurate method for identifying human microRNA-disease association, BMC genomics, 19 (10), 911, 2018.

lFeng, B., Hoskins, W., Zhang, Y., Meng, Z., Samuels, D.C., Wang, J., Xia, R., Liu, C., Tang, J. and Guo, Y., Bi-stream CNN Down Syndrome screening model based on genotyping array, BMC medical genomics, 11 (5), 105, 2018.

lXia, R., Lin, Y., Zhou, J., Geng, T., Bing, F. and Tang, J., Phylogenetic Reconstruction for Copy-Number Evolution Problems, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 16 (2), 694-699, 2018.

lJang, S., Geng, T., Li, J., Xia, R., Huang, C., Kim, H. and Tang, J., A computational approach for examining the roots and spreading patterns of fake news: Evolution tree analysis, Computers in Human Behavior, 84, 103-113, 2018.

lXia, R., Lin, Y., Zhou, J., Feng, B. and Tang, J., A Median Solver and Phylogenetic Inference Based on Double-Cut-and-Join Sorting, Journal of Computational Biology, 25 (3), 302-312, 2018.

已授权专利、著作

已授权专利

1.郭菲;李雪健;徐君海;唐继军,一种基于多模态融合的脑部胶质瘤分割方法,发明专利,已授权,授权号CN115345886B。

2.郭菲;张南星;李雪健;马世强;唐继军,一种新型冠状肺炎的疾病检测分割方法,发明专利,已授权,授权号CN114937022B。

已授权软件著作权

1.郭菲、刘晓依、杨洪鹏、艾成伟、唐继军,分子代谢公路多标签预测系统,软件著作权登记号2023SR1196299

2.郭菲、刘晓依、杨洪鹏、艾成伟、唐继军,代谢网络缺失反应智能预测系统,软件著作权登记号2023SR172785

3.陈庆云,唐继军,李朝,SynbioML后台管理系统,软件著作权登记号2017SR004706;该软件用于教育部重点工程实验室--“系统生物工程教育部重点实验室”的元件库管理系统

4.雷国成,唐继军,李朝,软件名称“在线皮肤类个人疾病讨论系统”,软件著作权登记号2017SR004189,2017

联系方式

电子邮件:jj.tang@siat.ac.cn