中国计算机学会生物信息专委会常委,生物信息学二区刊物BMC Bioinformatics和Frontiers in Genetics的副编辑
所获荣誉
2021年获得天津市自然科学二等奖,2024年获得中国智能科技最高奖“吴文俊人工智能科学与技术奖”自然科学二等奖, 2022年获得浙江省生物信息学学会科研成果二等奖,2019年获得天津市工程专业学位优秀指导教师奖和天津市工程专业学位硕士研究生优秀学位论文指导教师等。
科研成果
科研项目
中国自然科学基金面上项目(2020/01/01-2023/12/31)
重组基因组结构变异及演化的算法研究,项目负责人,总金额58万人民币。
中国科技部科技部国家重点研发计划子课题(2020/11/01-2025/10/31)
新蛋白质元件设计的智能算法研究,总金额1000万人民币,课题一负责人,份额228万。
中国科技部科技部国家重点研发计划参与人(2017/01/01-2021/12/31)
中国重大疾病与罕见疾病临床与生命组学数据库,总金额5000万人民币,天津大学负责人,份额135万。
深圳市团队计划(2021/01/01-2024/12/31)
美国国家人文基金(NEH)(10/01/2018-09/30/2020)
社交媒体中语言变化模式的计算工具。
总金额90,000美元,联合负责人,份额是25,000美元。
美国国家科学基金NSF IIS1161586(10/01/2012-09/30/2017)
开发3D浏览器来探索基因组。
总金额为800,000美元,项目总负责人,份额为450,000美元。
美国国家科学基金NSF OCE 0926581(09/15/2009-08/31/2014)
在一系列尺度上监测气候变化对岩石潮间带生态系统的影响。
总金额为770,000美元,第二负责人,份额200,000美元。
美国国家科学基金NSFOCI0904179(09/01/2009-08/31/2013)
亿次模拟了解全基因组进化。
总金额为1,000,000美元,南卡罗来纳大学项目负责人,份额320,000美元。
美国国家人文基金HT-50046-11(10/01/2011-12/31/2012)
高性能计算协作实验室。
项目负责人,总金额为250,000美元。
美国海军研究办公室ONR N00014-07-1-0686(06/01/2007-05/31/2011)
将游戏范式融入计算机辅助工程设计工具中。
总金额为1,000,000美元,第二负责人,份额400,000美元。
美国国家科学基金NSFCNS 0708391(06/01/2007-05/31/2011)
高性能共享内存计算机用于南卡罗来纳州的生物和医学研究。
项目负责人,总金额为470,000美元。
美国健康研究院NIHR01 GM078991(06/01/2006-05/31/2010)
复杂基因组重排事件的系统发育分析。
项目负责人,总金额780,000美元。
美国国家科学基金NSF CIPRES分包项目(NSF EF 03-31654)(10/01/2005-09/30/2006)
系统发育多序列比对
总金额为35,000美元。
美国国家进化综合中心夏季支持(由NSF资助)(2005年夏季)
基因顺序系统发育的算法开发,总金额为18,000美元。
lMa,K.,Li,J.,Zhao,M.,Zamit,I.,Lin,B.,Guo,F.,Tang, J.,PPRTGI: A Personalized PageRank Graph Neural Network for TF-target Gene Interaction Detection,IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,2024
lLi, X., Ma, S., Xu, J., Tang, J., He, S., Guo, F., TranSiam: Aggregating multi-modal visual features with locality for medical image segmentation, Expert Systems with Applications, 237, 121574, 2024
lLiu, X., Yang, H., Ai, C., Ding, Y., Guo, F., Tang, J., MVML-MPI: Multi-View Multi-Label Learning for Metabolic Pathway Inference, Briefings in Bioinformatics, 24 (6), bbad393, 2023
lMeng, Q., Guo, F. and Tang, J., Improved structure-related prediction for insufficient homologous proteins using MSA enhancement and pre-trained language model,Briefings in Bioinformatics, bbad217, 2023
lDou, M., Ding, J., Chen, G., Duan, J., Guo, F., Tang, J., IK-DDI: a novel framework based on instance position embedding and key external text for DDI extraction, Briefings in Bioinformatics, bbad099, 2023
lKan, Y., Jiang, L., Guo, Y., Tang, J. and Guo, F., Two-stage-vote ensemble framework based on integration of mutation data and gene interaction network for uncovering driver genes, Briefings in Bioinformatics 23 (1), bbab429, 2022.
lLiao, Z., Pan, G., Sun, C. and Tang, J., Predicting subcellular location of protein with evolution information and sequence-based deep learning, BMC bioinformatics 22 (10), 1-23, 2021.
lHoskins, W.H., Hobbs, W.I., Eason, M.J., Decker, S. and Tang, J., The design and implementation of the Carolina Automated Reading Evaluation for reading deficit screening, Computers in Human Behavior Reports, 4, 100123, 2021.
lHe, W., Tang, J., Zou, Q. and Guo, F., MMFGRN: a multi-source multi-model fusion method for gene regulatory network reconstruction, Briefings in Bioinformatics, 22 (6), bbab166, 2021.
lWang, J., Liu, J., DiStefano, C., Pan, G., Gao, R., and Tang, J., Utilizing Deep Learning and Oversampling Methods to Identify Children’s Emotional and Behavioral Risk, Journal of Psychoeducational Assessment 39 (2), 227-241, 2021.
lZhang, Z., Wang, W., Xia, R., Pan, G., Wang, J. and Tang, J., Achieving large and distant ancestral genome inference by using an improved discrete quantum-behaved particle swarm optimization algorithm, BMC bioinformatics 21 (1), 1-30, 2020.
lPan, G., Wang, J., Zhao, L., Hoskins, W. and Tang, J., Computational Methods for Predicting DNA Binding Protein, Current Proteomics 17 (4), 258-270, 2020.
lWang, Y., Ding, Y., Tang, J., Dai, Y., Guo, F.,CrystalM: a multi-view fusion approach for protein crystallization prediction,IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 18 (1) 325-335, 2019.
lZhang, Y., An, L., Xu, J., Zhang, B., Zheng, W., Hu, M., Tang, J. and Yue, F., Enhancing Hi-C data resolution with deep convolutional neural network HiCPlus, Nature communications, 9 (1), 750, 2018.
lJiang, L., Xiao, Y., Ding, Y., Tang, J. and Guo, F., FKL-Spa-LapRLS: an accurate method for identifying human microRNA-disease association, BMC genomics, 19 (10), 911, 2018.
lFeng, B., Hoskins, W., Zhang, Y., Meng, Z., Samuels, D.C., Wang, J., Xia, R., Liu, C., Tang, J. and Guo, Y., Bi-stream CNN Down Syndrome screening model based on genotyping array, BMC medical genomics, 11 (5), 105, 2018.
lXia, R., Lin, Y., Zhou, J., Geng, T., Bing, F. and Tang, J., Phylogenetic Reconstruction for Copy-Number Evolution Problems, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 16 (2), 694-699, 2018.
lJang, S., Geng, T., Li, J., Xia, R., Huang, C., Kim, H. and Tang, J., A computational approach for examining the roots and spreading patterns of fake news: Evolution tree analysis, Computers in Human Behavior, 84, 103-113, 2018.
lXia, R., Lin, Y., Zhou, J., Feng, B. and Tang, J., A Median Solver and Phylogenetic Inference Based on Double-Cut-and-Join Sorting, Journal of Computational Biology, 25 (3), 302-312, 2018.