基础教学部是深理工“宽基础”、“强交叉”、“深融合”的特色通识教育课程体系的重要教学单位和实践基地，其使命是致力于打造新工科的数理化深厚底蕴，建设人工智能和生命科学交叉的新兴学科体系，培育人文素养和科学精神相融合的创新型人才。
基础教学部下设数理中心、人文中心和体育中心以及创新实践基地和学部综合办公室。其中数理中心包括了高等数学教研室、大学物理教研室、大学化学教研室和生命科学教研室；人文中心设置有外语教研室、历史哲学教研室、社会科学教研室和文学艺术教研室；体育中心设置有体育教研室、场馆及教学保障办公室；创新实践基地包括科学演示实验室、工程训练实验室、创新创赛实验室。
